临床药理中心的前身为临床药理研究室。1983年阜外医院被批准成为卫生部首批临床药理基地之际，在著名的心血管病专家陶寿淇教授的倡导下，成立阜外医院承担药物临床研究的实体单位--临床药理研究室。在第一任主任陶萍教授的带领下经过二十年的努力，搭建了我院心血管药物临床研究的工作的基本框架。

1998年后，完善了I期、II期临床研究的病房条件；建立和完善了药理实验室；开展了心血管药物不良反应监察。同时在以往的I、II、III期临床试验的基础上，增加了对上市后的心血管药物进行安全/有效性的再评价（IV期）；在实践中，已拥有一支药品临床研究的专业化队伍，具有专业工作经验的临床、药理、药物分析和医学统计等专业人员，已形成较完整的一体化工作系统。

2001年12月，在原临床药理研究室基础上，通过了卫生部科教司组织的专家组审评，批准成为我国第一个“卫生部心血管药物临床研究重点实验室”。

经过我们几代人的工作与努力，为我国药品市场增添了逾百种心血管药物，并阻止了数种不合格药品的上市。工作质量和成绩受到了国家药品监督管理局、卫生部和业内人士的肯定。临床药理研究室曾获医科院科技进步奖一等奖1项；获国家“九五”攻关（1035工程）重点课题奖，参加科技部成果展；已培养硕士研究生13名，目前在读博士生1名，硕士7名；已发表临床药理专业文章逾百篇。

为符合医院的统一改革要求，2003年将原临床药理研究室改称为“临床药理中心”。现任副主任贾友宏（常务）。